搜尋引擎依據其運作方式主要分為三種，包括全文搜尋（Full Text Search）、目錄搜尋（Search Index / Directory）及Meta搜尋（Meta Search Engine）。
全文搜尋（Full Text Search）
主要透過網際網路擷取每個網站的網頁資訊透過網路機器人（Robot）或蜘蛛（Spider）等程式建立資料庫，使用者只要進行查詢或檢索，將按照一定的規則進行排序，同時將搜尋結果呈現給使用者，這類網站國外以Google、Altavista及Teoma等為代表，中國地區則以百度（Baidu）、台灣地區以Yahoo為代表。
目錄搜尋（Search Index / Directory）
目錄搜尋嚴格來說並不算是真正的搜尋引擎，主要提供依照目錄進行的分類網站連結列表。使用者可以不用關鍵字（Keywords）查詢，僅靠分類目錄也可找到需要的資訊。這類網站以Yahoo奇摩為代表，中國地區的蒐狐、網易等均屬於這一類。
Meag搜尋（META Search Engine）
這類搜尋主要可以同時在多個搜尋引擎上進行搜尋動作，同時將搜尋結果呈現給使用者，搜尋的結果有部分是直接依照原始搜尋引擎的結果排序，其他則是依照自訂的規則來排序。這類搜尋引擎以InfoSpace、Dogpile及Vivisimo等為代表。
↓這裡是對 全文搜尋/目錄搜尋 更清楚解釋
全文搜尋
在分類部分提到全文搜尋從網站擷取資訊建立網頁資料庫的概念，其擷取的方式主要分為兩種，一種是定期搜索，即每隔一段時間（例如Google、Yahoo），搜尋引擎自動執行『蜘蛛』程式，對一定IP位址範圍內的網站進行擷取，一旦發現新的網站（網頁），它會自動擷取網站的資訊和網址納入資料庫。
另一種是網站主動向搜索引擎提交網址及相關資訊，搜尋引擎在一定時間內（數分鐘、幾天到數月不等）向你的網站派出網路機器人（Robot）或蜘蛛（Spider）程式，掃描你的網站（網頁）並將有關資訊存入資料庫。但近年來搜尋引擎的規則不段演變，主動提交網址無法保證提交的網站可以進入搜索引擎的資料庫，因此最有效率的方式就是儘量多獲得一些外部連結，藉由定期搜索和主動提交兩種方式交叉掃描，提高被搜尋引擎找到的機會。
當使用者以關鍵字查詢資料時，搜尋引擎將在資料庫中搜尋符合使用者查詢要求的資訊，並透過一套複雜的運演算法則（主要依據關鍵字匹配度、被點選頻率、連結成功率等）計算出每個網頁相關度及排名順序。
目錄搜尋
全文搜尋屬於自動檢索（使用程式自動執行），而目錄搜尋則完全依賴人工作業。使用者提交網站後，目錄編輯人員會親自瀏覽你的網站，然後根據一套判斷標準甚至依據編輯人員的主觀印象，決定是否接納你的網站。
其次，全文搜尋的搜索引擎在收錄網站時，只要網站本身沒有違反相關的規定，一般都能夠成功登錄。而目錄搜尋對網站的要求則高得多，有時即使登錄多次也不一定成功。
此外，在登錄全文搜尋的搜索引擎時，我們通常不用去設定分類，而登錄目錄搜尋時則必須將網站放在一個最合適的分類或稱為目錄（Directory）之下，而這些分類通常又有許多更細的子分類，因此使用者在選擇分類時，需要更為謹慎。
目錄搜尋的搜尋引擎要求登錄用戶必須自行填寫網站相關資訊，而且還有各種各樣的限制。更過分的是如果編輯人員認為你提交網站的分類或網站資訊不合適，編輯人員可隨時對進行調整，並且事先不會知會用戶。
目前，全文搜尋的搜索引擎與目錄搜尋有相互融合的趨勢。原來一些純粹的全文搜尋引擎現在也提供目錄搜索，如Google、Yahoo。
而像 Yahoo 這些原本使用目錄搜尋的搜尋引擎則透過與Google、Yahoo等全文搜尋的搜索引擎合作，解益擴大搜索範圍。
